Vaikka nykyään tuntuu olevan lähes enemmän sääntö kuin poikkeus, että elokuvista ja etenkin menestyvistä sellaisista, luodaan jatko-osa ja joskus useampiakin jatko-osia, ei sellaista ole missään vaiheessa varsinaisesti luvattu Naapurini Totoro -elokuvalle. Hayao Miyazaki tunnetaan siitä, ettei hän mielellään laadi jatko-osia elokuvilleen, minkä vuoksi Naapurini Totoronkin on oletettu olevan yksi tällainen elokuva.
Jäähyväiset Totorolle
Lisäksi Miyazaki on sanonut, etteivät Satsuki ja Mei tule milloinkaan enää kohtaamaan Totoroa. Ei ole mikään sattuma sekään, ettei elokuvan loppukohtauksessa nähdä Satsukia sekä Meitä yhdessä samassa kuvassa Totoron kanssa, vaan sen sijaan tytöt kuvataan leikkimässä muiden lasten seurassa. Miyazakin mukaan tytöt eivät olisi mitenkään voineet jäädä elokuvassa Totoron maailmaan, sillä sieltä he eivät olisi kyenneet palaamaan takaisin ihmisten maailmaan, oikeaan todellisuuteen. Tyttöjen äidin tervehdyttyä ja palattua kotiinsa tytöistäkin tulee aivan tavallisia lapsia.
Minijatko-osa
Monikaan ei tiedä, että Totorosta on kuitenkin laadittu pieni 13 minuutin mittainen minijatko-osa, joka kuvaa Meitä ja kissanpentuhahmoista bussia. Tämä on Miyazakin laatima suloinen lyhytelokuva, joka on katsottavissa Studio Ghiblin museossa. Vaikka tähän asti on aina otaksuttu, ettei Naapurini Totorosta ole koskaan tulossa varsinaista jatko-osaa, on viime aikoina kantautunut epävirallisia huhuja siitä, että sellainen saattaisi sittenkin lähivuosina olla tulossa… Aika näyttää, katkeaako huhulta siivet, vai päästäänkö valkokankaiden välityksellä vielä nauttimaan Totoron läsnäolosta!